在国家解体之际逃往日本政治避难，独裁国家统治者西亚古共和国将军卡路玛，在此期间他发表了制造恐怖活动的声明。多年过去，卡路玛麾下一群身上文有“梵”字的特工接连自杀，而卡路玛也意外死亡。在这一过程中，几乎每个人都留下了绰号为“傀儡师”的黑客即将到来的讯息。近两年不断壮大的公安九课受命调查此事，经过户草和巴特的层层追查，发现草薙素子也涉足其中。而随着调查的深入，近年多起诱拐案件、逐渐凸现的贵腐老人现象甚至日本一些重要部门也都与傀儡师的案件有关。揭去重重迷雾，骇然的真相慢慢浮出水面……
本片根据士郎正宗的同名原著改编，为旧版重制的3D版。