《毒太阳2》的故事将延续前作，继续展示展现灼热的、如史诗般的悲剧人生，在充斥着暴力、有如巨大车轮不断碾过的战争里煎熬。
1941年，科托夫将军和他的家人发生那个惊天巨变之后已经过去五年了。
战争一开始，科托夫奇迹般地从营地逃出，也因此而被判刑。因为相信自己一定会被苏联政府判处死刑，所以，他便作为一名私人志愿者被部队招收去前线。在战场上，他无情地打击德国军队。在严重受伤后，科托夫被一再的提供光荣退役的机会，但是因为坚信自己的妻子玛露莎和女儿娜迪雅已经死在劳工营地，他选择留在战友的身边继续战斗。
事实上，事情的发展已经远远超过科托夫的预期。他的妻子和女儿活了下来。女儿娜迪雅，已经成长为一名战地护士，她确信自己的父亲还活着，正在不顾艰难险阻寻找着他。
1943年，克格勃主要领导人阿森提夫——科托夫的克星，这个人负责科托夫的逮捕和定罪工作。命令由斯大林本人亲自下达，一定要找到这位前任将军。
阿森提夫能在这个被战争摧毁的国家找到他吗？更让人不可理解的是，为什么过了那么久，斯大林才下令找他，难道这其中有什么隐情？